Året är 4034. Människorna har nått fjärran stjärnor och merparten av mänskligheten ingår i ett hierarkiskt ordnat och trögrörligt imperium tillsammans med otaliga andra intelligenta arter. Fassin Taak bor i utkanten av den civiliserade världen, vid gasjätten Nasqueron där han studerar och samtalar med en art av otroligt långlivade varelser som lever i gasjättens atmosfär. Han antar att han kommer att tillbringa resten av sitt långa liv med det, och så småningom bli en betydande person i kretsen av "seers", som hans likar kallar sig. Men världen skakas om när angripare slår ut stjärnsystemets maskhål och effektivt avskärmar Nasqueron från resten av imperiet. När kontakten, via kommunikation i ljusets hastighet, återupprättas ett par hundra år efter maskhålets sammanbrott får Fassin veta att hela systemets överlevnad är beroende av en hemlighet han sig själv ovetandes fick från gasjättens invånare många år tidigare. Nu måste han lösa ett många miljoner år gammalt mysterium för att hindra en katastrof.
   The Algebraist utspelar sig i en ny space opera-miljö, alltså inte i The Culture, där Banks tidigare rymdoperor hållits. Det är klassisk rymdopera med barocka hierarkier, rymdstrider och vansinnigt onda erövrare som hotar den galaktiska civilisationen.