En "magical girl-manga" om flickor som får en önskan uppfylld i utbyte mot att de kämpar mot onda häxor och monster.
   Medan Madoka fortfarande funderar på om hon ska bli en magisk flicka tillsammans med Akemi, så tar hennes bästa vän Sayaka chansen att önska sig något. Men när Sayaka hamnar i trubbel med en mer erfaren (och farligare!) magisk flicka vid namn Kyouko, påminns Madoka att det inte bara handlar om att ta på sig söta dräkter och kämpa mot ondskan, utan att det faktiskt är på liv och död.