Kriget fortsätter att härja mellan alliansen och syndikatet. Kapten Black Jack Geary har blivit befodrad till amiral, trots att den nuvarande regeringen fruktar att han kommer starta en militärkupp. Hans nya rang ger honom auktoritet att förhandla med syndikatet, som är den sidan som förlorat mest och är redo att ge sig. Men det visar sig snart att det finns ett utomjordiskt hot ingen räknat med.